В 1987-1990 годах Николай Николаевич Каркищенко возглавлял главную государственную медицинскую комиссию по отбору и обеспечению полетов космонавтов. Он отвечал за подготовку космонавтов к полётам на орбитальной станции «Мир».

С космической отраслью страны РостГМУ связан даже не через одно «рукопожатие», а непосредственно. Этим связующим звеном стал уроженец города Батайска, выпускник Ростовского мединститута, ректор этого вуза в 1980-1986 годах Николай Николаевич Каркищенко.

Талантливый учёный и организатор участвовал в ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС. А после этой тяжёлой командировки Военно-промышленная комиссия СССР направила Каркищенко в особо режимное III Главное управление при Минздраве (ныне Федеральное медико-биологическое агентство России). Учёный возглавил весь блок оборонных медико-биологических научных работ, был назначен руководителем Главной медицинской комиссии по отбору и обеспечению полётов космонавтов.

Участие в «оборонке» Каркищенко считал своим долгом. Ведь именно благодаря достижениям в космических и оборонных отраслях науки, значительная часть высокоэффективных лекарственных препаратов и медицинских технологий внедрена в здравоохранение.

Помимо Байконура участвовал в проведении испытаний в Капустином Яре, Семипалатинском, Лужском и на других полигонах. Н. Н. Каркищенко организовал Институт повышения квалификации для спецконтингентов — врачей и специалистов, где создал и возглавил кафедру клинической фармакологии.

В 1990 году стал заместителем Министра здравоохранения России по науке, учебным заведениям, кадрам и спецвопросам. В 1997 году организовал Институт новых технологий Академии медицинских наук, а в 2009-м создал и возглавил Научный центр биомедицинских технологий.

Под руководством Н. Н. Каркищенко и при его личном участии разработаны и внедрены десятки новых лекарств, в том числе на основе нанотехнологий для защиты космонавтов, подводников, спецконтингентов и гражданского населения от воздействия экстремальных факторов и оружия массового поражения.