Лечебно-профилактический факультет ведет свое начало от медицинского факультета императорского Варшавского университета, в 1915 году эвакуированного в г.Ростов-на-Дону. Базой медицинского факультета университета была Николаевская больница. Первым деканом лечебного факультета был избран профессор И.Ф. Пожариский. На этапе становления медицинской школы на Дону приходилось преодолевать значительные трудности в организации учебного процесса. Большую помощь в финансировании медицинского факультета оказывали общественные организации и пожертвования.
Наряду с подготовкой врачебных кадров ученые факультета уделяли большое внимание научным исследованиям. Профессор Н.И. Напалков в 1921 году основал Донское хирургическое общество, он был организатором трех съездов хирургов Северного Кавказа, которые сыграли большую роль в развитии науки. Профессор П.И. Эмдин один из первых в стране стал применять хирургические методы лечения нервных болезней.
Научные разработки и повышение технического оснащения медицинской службы оказали существенное влияние на совершенствование лечебной работы. Большая заслуга в этом принадлежит ученым Н.А. Богоразу, К.Х. Орлову, А.И. Миронову, П.Я. Лельчуку и др.
С началом Великой Отечественной войны состоялся «огненный» выпуск 1300 врачей. Профессорско-преподавательский коллектив включился в организацию межицинской помощи раненым на полях сражений, многие преподаватели ушли на фронт и не вернулись домой.
В послевоенные годы на лечебно-профилактическом факультете трудами профессорско-преподавательского коллектива созданы все необходимые условия для успешной учебы и научно-исследовательской работы. Большой вклад в учебно-методическую, научно-исследовательскую и воспитательную работы внесли профессора П.П. Коваленко, Б.И. Воробьев, В.И. Русаков, А.Г. Пономарева, Е.Г. Локшина, П.Я. Лельчук и др.
В настоящее время лечебно-профилактический факультет включает в себя 18 кафедр и располагает высококвалифицированными кадрами.